Thảm sát Ponary (tiếng Ba Lan: Zbrodnia w Ponarach, tiếng Đức: Massaker von Ponary, tiếng Litva: Panerių žudynės) là những vụ hành quyết hàng loạt do quân Đức Quốc xã chiếm đóng Ba Lan và tay sai Litva thực hiện trong Chiến tranh thế giới thứ hai giai đoạn 1941–1944, ở gần thị trấn Ponary ngoại ô Vilnius.Khi chiếm đóng Ba Lan lần thứ nhất, Liên Xô khởi công xây dựng các kho chứa nhiên liệu hàng không dưới lòng đất tại Ponary. Tháng 6 năm 1941, quân đội Đức chiếm Vùng Vilnius. Đức Quốc xã chọn những nhà kho chưa hoàn thành làm nơi hành quyết hàng loạt. Nạn nhân là người Do Thái từ Vilnius và những nơi khác, đại diện giới trí thức Ba Lan, thành viên Phong trào kháng chiến Ba Lan, tù binh Liên Xô, người cộng sản và người Digan. Việc hành quyết chủ yếu do thành viên đội Ypatingasis būrys (cảnh sát an ninh) của Litva cộng tác với Đức Quốc xã.Các vụ hành quyết tại Ponary là thảm sát lớn nhất thời kỳ Đức chiếm đóng ở Biên giới Đông Bắc của Đệ Nhị Cộng hòa Ba Lan. Rất khó xác định chính xác số lượng nạn nhân vì vào giai đoạn cuối chiến tranh, quân Đức đã khai quật các hố chôn tập thể và thiêu hủy hầu hết thi thể để xóa dấu vết. Các nguồn tài liệu thường ước tính vào khoảng 100.000 nạn nhân. Sách chuyên khảo về tội ác Ponary của tác giả Monika Tomkiewicz do Viện Tưởng niệm Quốc gia Ba Lan ấn hành ước tính 80.000 nạn nhân, gồm 72.000 người Do Thái và 1.500–2.000 người Ba Lan.